下面的答案还没有交，不保证正确性。。。
第一题的答案是：
第二题的 第一问的答案是：
第二题的 第二问的答案是：
一个月没继续用 LaTeX 现在写都不是很熟悉了，囧
主要都是用递归求解。。。
PS：Recursion 是誰最先提出來的？。。。牛X得太令人髮指了～～～
這門課是死蛋孵給設計的，上課的課件，內容和習題跟那邊的 是基本一樣
欸～～～太兇殘了
Archive for 二月, 2010
随机方法 hw1 之 古典概率问题
二月 20, 2010第一题，请听题：
你跟A和B两个人打乒乓球，你赢A的概率是P(A)，赢B的概率是P(B)，已知P(B) > P(A)。现在让你跟他们两个轮流打，即跟B打一局，然后跟A打一局，然后再跟B打，依次打下去。在这个过程中，你可以先跟A开始打或者也可以先跟B开始打。问，这两种情况下，假如你为了尽量减少达到同时连续赢两个人所需要的局数，那么你应该先跟谁打？
Plus: can you imagine the answer intuitively？
第二题，请听题：
扔 n 个色子，如果有扔到 6 的话就放到一边，然后剩下的接着扔，直到所有的色子都扔到 6。用N_n表示需要扔的次数，M_n表示E N_n，即是N_n的期望。
（1）求M_n，并计算 M_2，M_3，M_4，和M_5；
（2）X_i 表示第 i 次所扔的色子数，求 E (X_1 + X_2 + … + X_Nn)，即X_i总和的期望，换句话说就是要扔到 n 个色子都是6 你所需要扔的色子数的总和（因为你每次都要扔一定数量的色子，一直到有n个色子都变成6，把每次扔的色子数加到一起， 这个总和的期望. ）。
囧，不好意思，第二问是 X_1 + … + X_Nn 的期望
这么变态的问题也就变态学校能出，死蛋孵之类的。5555，鸭梨好大
选了一门 随机方法 把我折磨的要死～～～
二月 20, 2010课程是 AMCS 308， Stochastic Methods in Engineering，第一堂课就留了作业，一看崩溃了，虽然是概率论的问题，但是发现以前学的概率论的东西真的是小儿科，崩溃了。。。更别说以后的Markov Chain，Brownian Motion，SDE了。。。真的把我打击得不清
花了十几个小时，只做了几道题。。。5555555
我决定破釜沉舟，跟这门课死磕到底，以后就camp in library～～～
可以以后post几道题上来，哈哈～～～
电驴上的某个评论
二月 18, 20105555 感谢发片 但是没有字幕 …… 射手也还没出 …… 只能忍了 my English is very ChaoDan ……
so is your hanyu, caodan…
Boot Camp 在MacBookPro上面安装Ubuntu
二月 16, 2010因为自己的PC是ATI显卡，导致我花了10小时还是没有把显卡驱动装好，最最杯具的事情是，我升级了一次导致完全黑屏，诶~~~迫不得已只能选择alternative strategy，于是决定用boot Camp在我的MacBookPro上面装Ubuntu，另外在PC上用VMware装个Ubuntu的虚拟机好了。
我个人不是很喜欢虚拟机这种东西的，系统不能完全直接用上CPU和memory，总让我感觉不舒服。。。o(╯□╰)o
因为在Mac OS X下snow里对windows各个版本有很好的支持，但是对Ubuntu支持不是很好，因为GRUB的问题，Ubuntu的grub比较无敌，如果是先安装UBuntu在安装其他系统，那么应该会比较一致，但是在mac os和windows 7下安装就得考虑boot的问题。
具体参考的别人的博客
大概步骤就是：
1. 先用boot camp 或者 disk ultility 进行分区，酌量分配吧，在boot camp中进行分区后的文件系统是默认格式化为FAT的。
1.5：安装 rEFIt! ，这个应该是必须的，因为boot camp 安装windows是有mac os的boot控制，但是我们后面会把这个分区删掉和格式化为ext文件系统
2：放入Ubuntu的盘，直接点安装，机器会重启，然后就是Ubuntu平常的安装步骤，可以用图形化安装也可以用文本模式安装
3：安装前的设置和分区，设置好键盘和时区，就到了分区的时候了，我当时犹豫了很久，因为boot camp是默认安装的系统是windows，所以会有33M的文件在刚刚分的区里面，我当时很怕删掉以后会启动有问题，不过应该是没有什么问题的，就是用ext4格式化然后挂载根目录。最好先分配或预留一部分swap空间，然后就是前进
4：到了最后一步，会让你确定分区的方案，一定要记得在右下角的高级选项里将grub的安装放到你安装的Ubuntu的那个区，一般是rEFI的盘是sda1，HFS+ 是sda2（mac os的文件系统），sda3应该是交换分区或者Ubuntu分区
最后安装然后重启就行了吧 ~~~~~ 应该
其实，还有另一种方法在mac上用Ubuntu，就是用fink 可以用apt来管理升级，可以让你像在lUbuntu工作
关于动漫～～～From VeryCD
二月 11, 2010关于柯南～～～：
不管幕后黑手是谁…是小兰也行啊…赶快完吧…我从柯南那么大,一直看到比新一还大,再不完我就比毛利小五郎还大了….
关于海贼王～～～：
20xx年，一老人垂危之即,颤抖着嘴唇对自己的孙子说：
“孩子……等……海贼王出完，一定要……烧给我，我在下面也高兴。”
孩子说：”放心吧爷爷，我一定努力活到那一天。”
听完孙子的话爷爷满意的闭上了双眼。
21xx年，一位行将就木的老人跪坐于坟前，禁不住泪如泉
涌：”孙子不孝啊，这么多年来，我一直等，也没等到 ，
我愧对列祖列宗呀！”说完，急怒攻心，浑身颤了
两颤就不动了。那双眼睛却还瞪得大大的，死不瞑目呀！！
孙子死后上了天堂，一天他遇到了上帝，上帝说：我能满足你一个愿望。
他说：”能把日本岛沉了吗？”
上帝说：这个难度太高，换个吧。
孙子又说：”那我要看海贼王全集。”
上帝擦了擦头上的汗说：”你前一个愿望是什么？把地球仪拿来我看看？？
有预感，看海贼王的话，需要做好与时间抗争的准备………
从现在起，玩命赚钱替自己攒买器官和护理的钱，期望走前能看完它
愿望有二！
1.尾田老师在升天前画完海贼王
2.活得比尾田老师长！！
关于犬夜叉～～～：
《犬夜叉》连载时，我才是小学生
《犬夜叉》盛行时，我变成了初中生
《犬夜叉》平淡时，我又升到高中生
《犬夜叉》完结时，我面临人生的第一次失业
《犬夜叉》结束了，我们长大了……
很多时候，身边的事物已经走马观花改变了许多。但是暮然回首才发现，原来早已习惯了那个特定时段静静的等待。
虽然我们不可能看一辈子的动漫，但有些动漫我们一定会记住一辈子……
生物系同学们，讨论一个生物学的小问题～
二月 9, 2010假如，一个很重要的蛋白，比如处于hub位置的信号蛋白（e.g. p53），我们在wide type的细胞中转入一个mutant p53的基因，就只是单纯的转入然后整合而且具有表达活性，但是没有催化活性，会不会对细胞的表型构成影响呢？？
从没有做过这种实验，所以不知道，有人发现文献里讲过类似的结果么？？？
再假如所有的binding activities和enzymatic activities都失去了呢？？
The art of computer programming~~~
二月 9, 2010The e-book laid in my folder for about three months, I decided to start reading, and hope I can read some everyday, smoothly and constantly…
I hope this will not become an endless delayed project for me.
fighting~~~
aquamacs跟fink emacs该选哪个好啊？
二月 9, 2010安装了fink，然后里面也apt－get安装了emacs，但是里面用的TeX版本实在是太低了，还是想用MacTeX，但是不知道如何bind，于是使用aquamacs，虽然按键布局都改得适合mac键盘了，但是编程序跟编辑文章有很大冲突，不知道如何是好啊～～～
在~/.emacs里得配置信息也会影响到aquamacs，真是费脑筋啊～～～
Ken实在是太nice了，居然一下子就答应给写推荐信了
二月 6, 2010我的advisor不是他，居然这么爽快，^_^
实验室方面貌似还有个很大的问题，希望能尽快搞定。。。
赶紧写PS和CV
弄了半天还是没转专业，Ken跟我说，除了三门课以外，可以选任何其他的课程了～～～
想想还是这样子对我更有吸引力～～～（好吧，其实我是想要他的推荐信去申请Bio的GCR Summer Research，如果转专业出去了，就不好意思要推荐信了～～～ ＝＝！）
应陈同学要求，关于蛋白泛素化的机制的第二篇文章的解析
二月 5, 2010这篇文章的题目是 Pierce, N. W. et al. Detection of sequential polyubiquitylation on a millisecond timescale. Nature 462, 615–619 (2009) | Article | PubMed |
我乍一看文章的题目和摘要，还以为是他们用的很精细的仪器进行的测量，因为在millisecond timescale的大分子的反应中，需要能得到非常细节的机制信息，就是文章摘要所描述的蛋白-蛋白反应的顺序问题，如果是检测单分子反应则是需要很精很精细的仪器的，当然这篇文章并没有用很精细的仪器，却是用了很OX的几个tricks，这也是这篇文章的闪光处（很需要创造性的，哈哈）。
我对这片文章也是很感兴趣的，原来在计算生物所的时候我就问过杨老师此问题。当时还没有一篇文章是讨论泛素化过程中ubiquitins是如何被聚合成一个ubiquitin chain的，按照当时最新的文章只知道泛素化过程中ubiquitin是从E1到E2再到E3，由E3连接到需要被ubiquitylated的蛋白上面。在大部分的生物学研究中，都是做的定性的研究，即检测两种蛋白是否发反应，最多再测出反应的kinetic parameter，却很少检测多种蛋白在反应过程中的详细机制（所以本篇文章从这个方面说也算是比较OX了）。
好了，废话扯到这里，开始讲讲这篇文章：
首先，先讲一下背景，泛素化过程的主要机制：此过程需要三种酶的参与，分别是E1、E2、E3，这三种酶，E1負責激活ubiquitin蛋白，然后由E2（conjugate enzyme）将其传递给E3（ligase）E3最后将ubiquitin连接到底物，即需要被降解的蛋白上，一般是在ubiquitin的Lys48上面进行连接的，如果有兴趣也可以去查看一下以前的文献，如果在ubiquitin的Lys36上面连接的话应该是调控性的（信号转导）。
在整个连接过程中，ubiquitin是单个顺序的进行连接的还是先形成chain然后在转移到底物上的抑或是两种情况都存在，没有实验做过相关的研究来检测其中的详细机制。
因为想要检测的机制太详细，如果不是在单个分子水平的话，大量的分子在一起反应会导致分子反应的非同时进行，这样检测到的是平均水平，很难检测到反应过程中的中间状态，但是作者并不是用的单分子水平的实验。。。
作者先将E2，E1，ATP等放在一起incubate，形成饱和的E2－Ub，然后另一方面进行E3和底物的incubation，这样剩下的就是反应的最后一步即Ub的转移并连接到底物或已经在底物上形成的链上。我猜测应该是作者为了同步最后一步反应才这样做的。
然后，为了使反应充分，不能只加入这两个，因为需要使反应达到实际反应的kinetics。这样就要加入背景分子了，文章中在E2－Ub中提前加入了1000倍的背景分子（未标记底物蛋白），但是还是由点小缺陷，就是加入的背景分子所造成的误差，于是还要做一个平行实验就是将背景分子（未标记底物蛋白）与E3－substrate也进行incubation，然后检测带有不同长度ubiquitin chain的产物，最后将两种情况下的结果相减，得到泛素化的蛋白所带有的ubiquitin chain长度的分布。
这个长度分布是文章中讨论的lambd分布，如果是单个ubiquitin顺序连接，那么transfer distribution就等于ubiquitin chain的长度分布，如果是先聚合成链再进行转移则每个链形成的转移反应只有一次。而如果两种机制都存在的话，transfer和pre-assembled ubiquitin chain的分布将位于两种情况之间，从各种情况（transfer指数分布或pre-assembled chain length正态分布）得到的长度分布则跟实验得到的分布不吻合，因此排除了两种情况同时存在的可能
然后通过分析Ub－E2，发现没有大于两个Ub连接在E2上面，因此可以从这里判断是单个ubiquitin分子sequentially ligated to substrate.
当然，因为是发表在nature上的，所以还有后面很多工作：因为已经比较确信是single sequentially ligation，作者们又用更精细的测量方法测量了0.01s-30s之间的各个长度的chain的动态变化，可以看到ubiquitin chain长度越长的底物出现的时间越晚，说明跟作者预测的time lag（是由于顺序连接导致的）是吻合的。现在基本就确定了这种机制。
然后又检测了同种类型（大约占所有E2E3中的一半）的泛素化的酶也是同种机制，只是time lags和dynamics有点不一样。
当然啦，最后作者还是做了extra的工作，下面这个就很OX了，哈哈，用很长的数学公式从得到的实验结果里，得到了各步反应的参数。。。（我想要的就是这个。。。）
PS：看文章很快，但是写这个东西真的是很崩溃，我自己表达能力很差，又是用中文，凑合着看吧，以后考虑是不是改用英文写。。。
google reader又少了一个，王三表的博客被备案了？
二月 3, 2010今天例行打开google reader发现三表哥怎么只有一篇博客，难道又难产了？点开链接发现时 network error 看到别人的博客才知道是被备案了，不知道啥时候能回归，回归之前的这段时间估计会少一份乐趣了，杯具。。。
临时地址是：http://www.buxulianxiang.com/
据说，又开了，，，天朝衙门的工作方式很诡异
转载，据说是从twitter上来的
二月 2, 2010twitter上看来的段子:
百度：一直在裸奔，从不穿内裤。
腾讯：一直在模仿，从未被起诉。
迅雷：一直在吸血，从不管用户。
暴风：一直在流氓，从未被抓住。
瑞星：一直在娱乐，从不杀病毒。
关于蛋白的降解-泛素化更深入的研究结果
二月 1, 2010Ubiquitin chains are built by sequential transfer of single molecules
References
Kleiger, G. et al. Rapid E2-E3 assembly and disassembly enable processive ubiquitylation of cullin-RING ubiquitin ligase substrates. Cell 139, 957–968 (2009) | Article | PubMed |
Pierce, N. W. et al. Detection of sequential polyubiquitylation on a millisecond timescale. Nature 462, 615–619 (2009) | Article | PubMed |
Ye, Y. & Rape, M. Building ubiquitin chains: E2 enzymes at work. Nature Rev. Mol. Cell Biol. 10, 755–764 (2009) | Article | PubMed |
蛋白的泛素化是细胞内生型蛋白降解的主要途径，除此之外，泛素化过程在08年和09年的研究及综述里面也有很多具有调控作用的信号蛋白，该泛素化过程中泛素分子聚合的分子机制几乎相同，调控作用的分子机制好像不是很明了（因为以前在的两个实验室里都接触到过泛素化，所以看到以后比较感兴趣）。
不过上面在09年的三篇文章里面给出了极其重要价值的knowledge，具体还没有看三篇文章，不过根据摘要，大概了解了一下三篇文章的内容，前两篇是research article，是以Cdc34（E2 ligase） 和 SCF（E3 ligase）为研究对象，大致得到了很详细的E3和E2两种酶对于泛素分子的聚合机制（而且比较general），而且在纳秒级别上检测到了单个分子的顺序聚合过程。最后一篇是综述，具体没看。
有感兴趣的，这里是传送门，可以看到对这几篇文章的介绍，而且另我感到惊艳的是，前面两篇research article都是CalTech的一个实验室做出来的。。。。仰慕到死
很可恶的一件事情是，KAUST这么有钱，为啥science direct上面的文章没法下载啊。。。
Fancy@Mind Chaos
